（二）增值税进项抵扣凭证问题
——从蔬菜合作社购进农产品是否可抵扣
增值税一般纳税人购进农民专业合作社销售的免税农产品可以抵扣进项税额。纳税人购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的农产品，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和10%的扣除率抵扣进项税额。除此之外，购进农产品允许按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率抵扣进项税额。
注意：取得合作社外购蔬菜（非自产）开具的免税普通发票不能抵扣。
（三）纳税申报问题与法律责任
部分合作社在市场监管部门注册登记后，不进行正常申报，经反复催报仍无动于衷。还有部分合作社法定代表人频繁更换联系方式，更换后不在税务部门进行变更，使税务人员难以联系到纳税人。
法律责任：
纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。
停票风险：
已办理税务登记的纳税人未按照规定的期限进行纳税申报，税务机关依法责令其限期改正。纳税人逾期不改正的，税务机关可以按照税收征管法第七十二条规定处理，收缴其发票或者停止向其发售发票。
（四）非正常户认定与纳税信用评定
纳税人负有纳税申报义务，但连续三个月所有税种均未进行纳税申报的，税收征管系统自动将其认定为非正常户，并停止其发票领用簿和发票的使用。
下列情形之一的纳税人，纳税信用本评价年度直接判为D级:
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