原交通部有七所直属高校，都是行业的翘楚，经过1998年的高等学校改革，目前交通运输部只剩下一所直属高校，即大连海事大学，交通运输部共建高校有六所，即武汉理工大学、长安大学、上海海事大学、长沙理工大学、重庆交通大学、南通大学。

1.大连海运学院

大连海运学院，现更名为大连海事大学，原交通部直属高校中最强的。如今是交通运输部唯一直属高校。

大连海事大学是交通运输部所属的全国重点大学，是国家“双一流”世界一流学科建设高校、国家“211工程”建设高校，是交通运输部、教育部、原国家海洋局、辽宁省人民政府、大连市人民政府共建高校。学校是中国著名的高等航海学府，有“航海家的摇篮”之称，是被国际海事组织认定的世界上少数几所“享有国际盛誉”的海事院校之一。

大连海事大学源于1909年设立的邮传部上海高等实业学堂船政科，系晚清至新中国建立40余年间中国仅有的三所海运高等院校合并而成。1953年，由东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并成立大连海运学院。1994年，大连海运学院更名为大连海事大学。

2.武汉交通科技大学（现合并于武汉理工大学）

1992年7月，经国家教育委员会批准，武汉水运工程学院、武汉河运专科学校合并，沿用武汉水运工程学院校名；同时，学院广州航海分部独立建制，改名为广州航海高等专科学校。

1993年11月，经国家教育委员会批准，武汉水运工程学院更名为武汉交通科技大学。武汉交通科技大学在原交通部直属高校中排名第二，由于“211”工程名额限制，为了平衡公路和水运，西安公路交通大学进入“211”工程，武汉交通科技大学未能直接进入。

武汉水运工程学院成立于1945年7月。1951年1月，学院归属中央人民政府交通部领导；7月，学院更名为武汉交通学院。

2000年5月27日，武汉工业大学、武汉交通科技大学、武汉汽车工业大学合并组建武汉理工大学，隶属教育部，首批国家世界一流学科建设高校，首批国家“211工程”建设高校，由教育部和交通运输部、国家国防科技工业局共建。

3.西安公路交通大学（现并入长安大学）

2000年4月18日，西安公路交通大学、西安工程学院、西北建筑工程学院合并组建长安大学，划归教育部管理。

长安大学（Chang’an University）座落于陕西省会西安，直属中华人民共和国教育部，是教育部和交通运输部、自然资源部、住房和城乡建设部、陕西省人民政府共建的国家“世界一流学科建设高校”，国家“211工程”重点建设大学，国家“985工程优势学科创新平台”建设高校。

其前身是创办于1951年兰州的西安交通学校，从名字上就可以看出其优势领域，曾经直属于交通部，合并成为长安大学之后划归教育部。如今其拥有着6个国家级重点学科，13个国家级特色专业，并且其交通运输工程也是一级重点学科，交通领域的实力非常强。

4.上海海运学院（现上海海事大学）

1959年交通部组建上海海运学院，2004年经教育部批准更名为上海海事大学。学校原为交通运输部直属高校，2000年划归上海市管理。

上海海事大学（Shanghai Maritime University）是一所以航运、物流、海洋为特色学科，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等学科门类的多科性大学，上海市人民政府与交通运输部共建高校。

学校前身为创建于1909年7月的晚清邮传部上海高等实业学堂船政科，开创了中国高等航海教育的先河。历经邮传部高等商船学堂、吴淞商船学校、交通部吴淞商船专科学校、重庆商船专科学校、国立吴淞商船专科学校、上海航务学院等时期。

5.长沙交通学院（现合并于长沙理工大学）

长沙交通学院前身为交通部1956年1月创办的长沙航务工程学校，1958年更名为湖南省航务学校，1960年与湖南省公路学校合并，改建为湖南交通学院，1961年改为湖南省交通学校，1963年，更名为长沙交通学校，属交通部建制，1971年改名为湖南省交通学校。

1978年经国务院批准，将湖南省交通学校改建为长沙交通学院，由交通部直接领导和管理。

2000年，该院实行中央与地方共建，以地方管理为主的管理体制，2003年与长沙电力学院合并为长沙理工大学。

长沙理工大学（Changsha University of Science & Technology）简称“CSUST” ，是国家交通运输部和湖南省人民政府共建高校。

6.重庆交通学院（现重庆交通大学）

1951年，创建西南交通专科学校。1960年，组建重庆交通学院，成都工学院土木系、四川冶金学院冶金系、武汉水运学院水工系等相继并入。2000年，学校由交通部划转重庆市管理，为省部共建高校。2006年，更名为重庆交通大学。

重庆交通大学（Chongqing Jiaotong University，CQJTU），坐落于重庆市，是由重庆市人民政府和中华人民共和国交通运输部共建的一所交通特色、以工为主的多科性大学。

7.南通医学院（现合并为南通大学）

南通医学院位于江苏省南通市。南眺长江，东滨黄海，与上海市仅一江之隔。

学院前身为私立南通医学专门学校，由清末状元、近代著名教育家、实业家张謇创建于1912年，迄今已有90年历史，是国人最早创办的高等医学院校之一。从1927年起，学校数易其名，先后称为私立南通医科大学、私立南通大学医科、私立南通学院医科。1952年，学院改建为公立苏北医学院，1956年改称为南通医学院。1978年，学院隶属交通部和江苏省双重领导，以交通部为主；2000年，在高等教育管理体制改革中，学院划归江苏省人民政府管理。

2004年5月经教育部批准，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所省属公办本科院校合并组建新的南通大学。

8.南京交通高等专科学校（现合并于东南大学）

南京交通高等专科学校，原名南京航务工程专科学校，直属国家交通部，是一所老牌的交通高等院校。

南京交通高等专科学校在2000年与东南大学合并组建成为了新的东南大学。