按照发票金额乘以13%，是指的销项税额。
纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产，应纳税额为当期销项税额抵扣当期进项税额后的余额；应纳税额计算公式：应纳税额=当期销项税额－当期进项税额。
在计算时，可以看到有个“销项税额”，这个销项税额指的就是：纳税人发生应税销售行为，按照不含税销售额和适用税率计算收取的增值税额；销项税额计算公式：销项税额=销售额×税率。
一般纳税人销售货物或者应税劳务，采用销售额和销项税额合并定价方法的，按下列公式计算不含税销售额：不含税销售额＝含税销售额÷（1 税率）。进而可知，含税销售额=不含税销售额 销项税额。
纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税额，为进项税额。
但是在实际操作中，税务局很难监控到纳税人到底增值了多少，所以就针对不同规模的纳税人核定了特定的税率，也就是根据票面金额计算增值税，如果发票金额是10000元，应纳税额=10000*税率。
所以如果开的不是差额票，你乙方理解的计税方法是正确的。
至于税款要不要你出，就得看这个10000元是否为含税价格，如果约定的开票金额是不含税的，就应该向乙方支付税款，如果是含税价格乙方就没理由向你索要税款。（某些行业有惯例的除外）
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