企业以土地投资入股的土地增值税处理可以分为下面三种情况：
（1）非房地产企业将土地投资入股到非房地产企业名下，则非房地产企业不缴纳土地增值税。
（2）非房地产企业将土地投资入股到房地产企业名下，则非房地产企业必须缴纳土地增值税。
（3）房地产企业将土地投资入股到非房地产企业名下，则房地产企业必须缴纳土地增值税。
关于企业以土地投资入股，部分地区也有相关规定：
01山东的规定
《山东省地方税务局关于明确投资人股土地征收土地增值税土地扣除项目金额问题的通知》(鲁地税函[2004]30号)
纳税人利用外单位投资入股的土地从事房地产开发的，由于其取得该宗土地使用权时并无支付任何金额，故在转让该宗土地开发建设的房地产计算土地增值税时，不得按照投资入股企业取得土地使用权时支付的金额或投资入股时土地的评估价值作为土地的扣除项目金额予以扣除。
关于土地增值税有关问题的通知（鲁财税[2007]35号）
五、以房地产投资或联营的土地增值税征收问题
以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或房地产开发企业以其建造的商品房进行投资、联营或被兼并的，均应按规定征收土地增值税。
02青岛的规定
山东省青岛市地方税务局关于印发《房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答》的通知（青地税函[2009]47号）
六、关于以土地使用权投资入股，被投资企业从事房地产开发的，其土地成本如何进行确认？
答：房地产开发企业以接受投资方式取得的土地使用权，根据有关文件的规定，此类情形以《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）文件的执行日期为界限，分两种情况确认土地成本：
（一）2006年3月2日之后，在投资或联营环节，已对土地使用权投资确认收入，并对投资人按规定征收土地增值税的，以征税价格作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
（二）2006年3月2日之前，以土地作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税金清算时，应以投资者取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除，投资或联营时形成的土地使用权溢价不得扣除。其中，对在2006年3月2日之前虽未穗办理土地使用权变更登记手续，但受让方已先行合法占有投资开发土地、并已投入资金开始开发的，按照上述规定处理。
03济宁的规定
济宁市地税局关于土地增值税若干具体问题的通知
六、关于以土地(房地产)投资入股进行投资或联营的扣除问题
(一)房地产开发企业以接受投资方式取得的土地，并在该宗土地上从事房地产开发，在计算土地增值税时以《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)文件的执行日期为界限，分两种情况确认土地成本：
1、2006年3月2日之前，以土地(房地产)作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以源投资方取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除。投资方不能提供取得土地使用权支付凭证的，不得扣除。
2、2006年3月2日之后，以土地(房地产)作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，在投资或联营环节已对投资人按规定征收了土地增值税，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资方取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用及投资方缴纳的土地增值税作为被投资方可扣除的土地成本。被投资方不能提供投资方取得土地使用权支付凭证的，其土地价款不得扣除。
(二)以土地(房地产)作价入股进行投资或联营，被投资企业从事非房地产开发的，再转让该(土地)房地产时，应以投资方取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额计算土地增值税扣除项目金额。被投资企业不能提供投资方取得土地使用权支付凭证的，其土地价款不得扣除。
(三)房地产开发企业以土地作价入股进行投资或联营的，按照《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)第五条"房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》(财税字[1995]48号)第一条暂免征收土地增值税的规定"执行。21号文中的“建造的商品房”即土地（房地产）
04厦门的规定
关于修订《厦门市土地增值税清算管理办法》的公告（厦门市地方税务局公告2016年第7号）
纳税人因接受投资而取得的土地使用权，按照投资方投资入股的土地使用权作价金额及缴交的契税作为取得土地使用权所支付的金额。税人因逾期支付土地出让金等原因支付的罚款、滞纳金、利息和因逾期开发支付的土地闲置费等款项，不予扣除。
05新疆的规定
新疆维吾尔自治区地方税务局关于土地增值税若干政策问题的公告（新疆维吾尔自治区地方税务局公告2014年第1号）（全文废止）
六、关于以土地(房地产)投资入股进行投资或联营征收土地增值税的扣除问题
房地产开发企业以接受投资方式取得的土地，并在该宗土地上从事房地产开发，在计算土地增值税时应以《财政部国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号)文件的执行日期为界限，分以下两种情况确认扣除项目：
(一)2006年3月2日之前，以土地(房地产)作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资入股的账面价值作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
(二)2006年3月2日之后，以土地(房地产)作价入股进行投资或联营从事房地产开发，并按规定征收土地增值税的，以征税时确认的收入作为取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
06广东的规定
关于发布《江门市房地产开发项目土地增值税清算管理办法》的公告（国家税务总局江门市税务局公告2018年第3号）
（四）以投资入股方式取得土地使用权的，如在投资入股环节按规定免征土地增值税的，被投资企业在土地增值税清算时，应以入股投资者原取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据予扣除；如在投资入股环节入股投资者已按规定缴纳土地增值税的，以其计税价格作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据予扣除。
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