根据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税税务务总局 海关总署公告2019年第39号）第八条，“自2019年4月1日起，试行增值税期款项末留抵税额退税制度。”
增值税退税分为4种情况，其中留抵退税不退附加，但可以从后续计税依据中抵税。
下面笔者以四个案例分别说明四种情况如何处理。
（1）享受即征即退、先征后退、先征后返等的优惠政策
根税费据财税[2005]72号，“对三税（增值税、营业税、消费税，下同）实行先征后返、先征后退、即征即退办法的，除另有规附加税定外，对随三税附征的城市维护建设税和教育费附加，一律不予退（返）还。”
例：根据《财政部、国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》（财税[2011]100号）第一条第一项规定，增值附加税税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%税率（现为13%）征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
A软件企业为位于市区的增值税一般纳税人，销售自行开发的软件产品，按13%缴纳增值税，2019年9月取得销售额（含税）50万，当月购进生产材料取得增什么值税专用发票20万，票面注明的税额为2.6万。当月除雇员工资外无其他开销。
此时A返还企业应纳增值税税额=50/1.13*0.13-2.6=3.15（万）
应纳城建及教育附加=3.15*（7% 3%）=0.32（万）
应即征即退税费的增值税额=3.15-50/1.13*3%=1.82（万）
此时不退还城建及教育附加。
（2）2019年10月以后的留抵税额退税
根据财税〔2018〕80号，“对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。”
例：A房地产企业为位于市区的增值税一般纳税人，销售自行开发的房地产，2019年3月底无留抵税额。201科目9年4月末留抵税额为20万，此后每个月均取得进项且无销售额，A公司纳税信用等级为B级，且未享受即征即退、先征后返优惠收到政策，未因偷税被处罚，也不涉及出口退税及虚开发票。2019年9月底，留抵税额为55万，其中50万为增值税专用发票上注明的可抵扣进项，5万为取得旅客运输服务电子普通发票上注明的税额。
此时A企业可申请退还的留抵税额=增量留抵税额进项构成比例60%=55*50/55*60%=30（万）
此时不退还城建及教育附加，但在10月及后续所属期申报税款时，可以按应纳增值税税额减去30万的余额，作为计算缴纳城建及教育附加的依据。
（3）出口退税
根据财税字[1款项985]143号第三条第一款，“对出口产品退还产品税，增值税的，不退还已纳的城市维护建设税。”
例：A自营出口生产企业为位于计入市区的增值税一般纳税人，出口货物的征税税率为13%，退税率为10%。2019年9月，购进原材料一批，取得增值税专增值税用发票，注明的进项税额34万元，已验收入库。上期留抵税额6万元。本月内销货物不含税销售额100万元，出口货物销售额折合人民币200万元。
免抵退税不得免征和抵扣税额=当期出口货物离岸的价外汇人民币牌价（出口货物征税税率-出口货物退税率）=200（13%－10%）=6（万）
当期应纳税额=当期内销货物的销项税额－（当期进项税额－当期免抵退税不得免征和抵扣税额）-留抵税额=10013%－（34-6）－6=-21（万）
出口货物“免、抵、退”税额=出口货物离岸价外汇人民币牌价出口货物退税率－免抵退税额抵减额=20010%=20（万）
当期应纳税额-21收到万，免抵退税额20万，应退税额为20万，剩余1万（21-20）作为留抵税额结转下期抵扣。
此时附加税费不能退还。
（4）其他原因多交税款退税
多交税款是否可以退税没有明确规定，但并无禁止性规定，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还科目多缴的税款并加税务算银行什么同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
多交增值税导致多交的附加也属于税收征管法所规定的多交税款，没有禁止性规定的情形下，应可随增值税一同退还。
根据财税字[1985]143号第三条第二款，“对由于减免产品税，增值税，营业税而增值税发生的退税，同时退还已纳的城市维护建设税。”此处的减免不包括出口退税、先征后返、先征后退、即征即退，基本只剩下直接减免，但直接减免的情况下，增值税根据减免后的金额入库，而城建及附加根据实缴增值税金额计算入库，按理说不存在退税的情形。因此，笔者理解，此处的减返还免可能存在两种情况，一是由于新发布的优惠政策溯及既往，导致过去多缴税的企业申请退税；二是纳税人政策理解不到位导致未享受优惠，从而对多交税款申请退税。
综上，笔者认为从征管法规定及财税字[1985]143号第三条第二款，可以确定除出口退税、先征后返、先征后退、即征即退、留抵退税外的增值税多交退税，可以一并退还三项附加税费。
例：A投资企业为位于市区的增值税小规模纳税人，2019年9月，取得一笔符合条件的居民企业之间的股息红利100万，但由于税务人员休假，计入出纳人员填列申报表时，误将该股息红利认定为金融商品转让收益，按100/1.06*6%=5.66万申报缴纳了增值税，随之入库的城建税及教育费附加为0.57万。
2019年10月，A公司发现该问题，向税务机关申请退还多缴的税款，税务机关应予以退还5.66万增值税及0.57万附加税费。
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