3. 纳税人如果购进用于生产和委托加工13%的税率货物的农产品，按照9%的扣除率进行扣除，再按1%加计扣除（深加工企业）
4. 纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证（2012年1月1日开始免征增值税流通环节，蔬菜、部分鲜活肉蛋从农业生产者自产销售到最终的零售环节都是免税的，但是水果等农业生产者的自产农产品，农业生产者销售是不缴纳增值税的，但其他环节正常征收增值税）
5. 农产品增值税进项税额的核定扣除 由于计算抵扣税务局很难控制和监督，关于农产品收购价格很难纳税人可能会存在高估的风险，2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的一般纳税人，纳入农产品增值税核定扣除的范围，到目前为止其实地方政府可以根据实际情况确定核定征收的范围
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