规定指出，国家疾病预防控制局主要职责包括：组织拟订传染病预防控制及公共卫生监督的法律法规草案、政策、规划、标准，负责疾病预防控制网络和工作体系建设；领导地方各级疾病预防控制机构业务工作；制定并组织落实国家免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施等。
根据规定，国家疾病预防控制局内设机构（副司局级）包括：综合司、规划财务与法规司、监测预警司、应急处置司、传染病防控司、卫生与免疫规划司、综合监督一司、综合监督二司、科技教育与国际合作司（港澳台办公室）和机关党委（人事司）。
规定强调，国家疾病预防控制局应当强化对各级疾病预防控制机构的业务领导和工作协同，建立健全疾病预防控制工作体系和网络，为维护人民健康提供有力保障。
根据通知，国家卫生健康委员会负责管理国家疾病预防控制局，将制定并组织落实传染病预防控制规划、国家免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施等职责划入国家疾病预防控制局。
同时，国家卫生健康委员会内设机构迎来调整。通知明确，国家卫生健康委员会医政医管局更名为医政司；国家卫生健康委员会卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）更名为医疗应急司；国家卫生健康委员会机关党委（党组巡视工作领导小组办公室）负责机关和在京直属单位党的建设和纪检等工作；撤销国家卫生健康委员会疾病预防控制局、综合监督局。
