设置国际贸易“单一窗口”是上海自贸区在贸易便利化方面推出的重要举措。从2017年起，浦东税务部门将现行出口退税申报业务流程全面纳入“单一窗口”平台管理。出口企业在退税申报时，不再需要逐笔逐项地手工录入信息，退税申报数据在网络上“共享化”采集后，即可智能配单处理，实现了从申报“无纸化”向信息免填报的跨越，截至目前，已有6054户企业通过“国际贸易单一窗口”完成申报，共退免税额205亿元，申报的出口退税额占总申报额的98.29%。
近年来，上海自贸区作为改革开放的前沿阵地，不断加大简政减税降负工作力度，认真落实中央出台的一系列减税降负的政策措施。“早在营改增试点时期，我们就提出了自贸区‘所有行业税负只减不增’的口号。”浦东新区税务局货物和劳务税处负责人表示。
上海罗氏制药有限公司是瑞士罗氏制药公司的药品及诊断产品生产基地，在中国跨国制药公司肿瘤领域排名第一，也是首个落户张江的中外合资企业。2016年年末，因经营需要，公司收购了一家新的贸易公司负责进口药品，导致新的贸易公司销量突增，原本的发票开票金额一时间远远不能满足现有需要。由于增值税发票限额的增加属行政审批事项，通常需要15个工作日才能办结，公司立即向主管税务机关反映问题，寻求帮助。最后，只用了3个工作日流程就得以办结。
发票领用是企业每月的必修功课，但是对于某些业务量大的企业来说，却存在着用票量大、领用耗时耗力的问题。2017年，浦东税务部门在全市先行先试，率先启动了“网上领票 专业配送”服务，自贸区外高桥保税区域和洋山港保税区域333户A类纳税企业被正式纳入服务范围，成为了全上海市首批体验“网上在线申请、专业配送上门”服务的“幸运儿”。“从没想过发票领用可以像上‘淘宝’一样方便。”上海国际港务（集团）股份有限公司高级税务经理任钦说道。
上海财经大学教授胡怡建表示：“无论是通过便民办税措施优化税收营商环境，还是通过落实税收优惠政策释放改革红利，中国税务部门致力自贸区建设的种种努力，让以政府放权为标志的改革进一步深化，对自贸区整体自由化水平的提升具有重要意义。”
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